La ciudad de Ancud fue fundada en 1767 con el propósito de resguardar el tráfico naval austral mediante fuertes y baterías, llegó a constituirse uno de los lugares más formidables del Pacífico Sur y en la capital política y militar de este territorio.

En 1912 se finalizó el ferrocarril Santiago-Puerto Montt, que unía la región austral con el centro macroeconómico y cultural del país. Ancud llegó a concentrar el tráfico comercial y naviero, pero lentamente comenzó a decaer, perdiendo su categoría de puerto internacional.

En 1982, la capital provincial se trasladó a Castro. Pese a todo, Ancud no ha perdido sus encantos, con magníficos ejemplos del estilo arquitectónico chilote de tejuelas de madera, que se combina con modernos edificios rodeados de angostas calles, costaneras y plazas que sirven para el comercio de artesanías y productos típicos.

En el año 2006 se inician las primeras conversaciones para que Ancud pueda contar con una Sede Universitaria al más alto nivel, que recogiera su idiosincrasia, y que le permitiera a los habitantes de la Isla de Chiloè formarse técnica y profesionalmente sin salir de la Isla.

Fue así como en Marzo del año 2007 nace la Sede Ancud de la Universidad de Aconcagua, dictando tres carreras.

Hoy cuenta con más de 10 carreras que recogen las necesidades de la población y que proyectan la ciudad como la nueva capital universitaria de la provincia.